KUANTIFIKASI HASIL EKSTRAKSI GEN SEBAGAI FAKTOR KRITIS UNTUK KEBERHASILAN PEMERIKSAAN RT PCR

Eka Pratiwi* -  , Indonesia
Lovendo Ilham Widodo -  Fakultas Biologi, Universitas Jenderal Soedirman, Indonesia

DOI : 10.24269/ijhs.v4i1.2293

Infeksi virus dan bakteri menjadi penyebab terbanyak infeksi saluran pernafasan di negara berkembang. Influenza Like Illness (ILI) merupakan kelompok penyakit yang komplek dan heterogen yang disebabkan oleh berbagai etiologi. Etiologi ILI terdiri dari kurang lebih 300 jenis virus, bakteri, riketsia dan jamur. Deteksi penyebab kasus ILI saat ini mengalami beberapa kesulitan yaitu dalam menentukan etiologi ILI dari spesimen. Tahap awal dari metode Polymerase Chain Reaction (PCR) dimulai dengan melakukan ekstraksi, yaitu  memisahkan asam nukleat dari komponen sel lainnya, sehingga asam nukleat yang diperoleh dapat dianalisis atau dimodifikasi lebih lanjut dengan teknik biologi molekular lainnya. Setelah ekstraksi, dilakukan kuantifikasi meliputi pengukuran konsentrasi asam nukleat menggunakan alat Qubit fluorometric didapatkan beberapa sampel  RNA nya < 20 ng/mL sehingga tidak dapat terukur alat ini dan hasil pengukuran DNA nya bervariasi dengan range 4,99 – 99,2 ng/mL. Alat  Nanovue Plus juga digunakan untuk pengukuran konsentrasi asam nukleat dan kemurnian, untuk nilai RNA didapatkan range 0,0564 – 0,1396ng/mL lalu konsentrasi DNA berada di kisaran 0,0875 – 0,1365 ng/mL. Pada pengukuran kemurnian menggunakan Nanovue Plus tidak didapatkan DNA yang murni dengan nilai >1,80 dan pengukuran RNA didapat beberapa sampel yang mempunyai kemurnian dengan nilai >2,00.
Keywords
Extraksi; Virus; Pernafasan
  1. A. C. Sentilhes, C. Khamla, C. Olivier, S. Thongchanh, P. Darouny, V. Phengta, B. Paul, and B. Philippe. “Respiratory Virus Infections in Hospitalized Children and Adults in Lao PDR” Influenza and Other Respiratory Viruses Journal, vol.7(6), pp. 1070-1078, 2013.
  2. WHO. Infeksi Saluran Pernapasan Akut (ISPA) yang Cenderung menjadi Epidemi dan Pandemi. Jenewa: World Health Organization, 2010.
  3. Y. P. Widodo, C. D. Rizki, & D. S. Lintang. Hubungan Perilaku Keluarga terhadap Kejadian Infeksi Saluran Pernafasan Atas (ISPA). Jurnal Ilmu dan Teknologi Kesehatan, 7(2), pp. 1-12. 2016.
  4. WHO. WHO Surveillance Case Definitions for ILI and SARI. Jenewa: World Health Organization, 2010.
  5. R. Hidayati dan R. Hidajah. Pola Peresepan Antibiotika Pada Kasus Infeksi Saluran Pernafasan Akut (Ispa) Di Klinik “X” Di Kota Malang Pada Bulan Mei-Desember 2008. Farmasains : Jurnal Farmasi dan Ilmu Kesehatan. Vol 1 No.1. 81-87. 2010.
  6. C. Kim, JA. Ahmed, RB Eidex, R. Nyoka, LW. Waiboci, et al. Comparison of nasopharyngeal and oropharyngeal swabs for the diagnosis of eight respiratory viruses by real-time reverse transcription-PCR assays. PLoS One 6: e21610. 2011.
  7. J. Adiputra, S.H. Hidayat dan T.A. Damayanti. Evaluasi Tiga Metode Preparasi RNA Total untuk Deteksi Turnip Mosaic Potyvirus dari Benih Brassica Rappa dengan Metode Reverse Transcriptase Polymerase Chain Reaction. Jurnal Fitopatologi Indonesia 8(2), pp. 44-49. 2012.
  8. QIAGEN. QIAamp® Viral RNA Mini Handbook. 4th Ed. QIAGEN Companies. 2014.
  9. J. Sambrook and D. W. Russel. Molecular Cloning: A Laboratory Manual. 4th ed. New York: Cold Spring Harbor. 2012.
  10. Qubit. Qubit® 3.0 Fluorometer User Guide. Catalog Number Q33216. Life Technologies Company. 2014.
  11. J. Mahony, M. Smieja, A. Petrich. Molecular diagnostics for viral respiratory infections. Crit. Rev. Clin. Lab. Sci. 48:217–249. 2011.
  12. MK. Abraham, J. Perkins, GM. Vilke, CJ. Coyne. Influenza in the emergency department: vaccination, diagnosis, and treatment: clinical practice paper approved by American Academy of Emergency Medicine Clinical Guidelines Committee. J Emerg Med 50:536–542. 2016.
  13. AC. van de Pol, TF. Wolfs, AM. van Loon, CE. Tacke, MC. Viveen, NJ. Jansen, JL. Kimpen, JW. Rossen, F. Coenjaerts. Molecular quantification of respiratory syncytial virus in respiratory samples: reliable detection during the initial phase of infection. J Clin Microbiol 48:3569–3574. 2010.
  14. X. Li, Y. Wu, L. Zhang, Y. Cao, Y. Li, J. Li, et al. Comparison of Three Common DNA Concentration Measurement Methods. Analytical Biochemistry. 451:18-24. 2014.
  15. M. O. Neil, J. McPartlin, K. Arthure, S. Riedel and N.D. Mc Millan. Comparison of the TLDA with the nanodrop and the reference qubit system. J Phys Conference Series. 307(1), pp. 1-6. 2011.
  16. K. Phillips, N. McCallum, L. Welch, A comparison of methods for forensic DNA extraction: chelex-100 and the QIAGENDNA Investigator Kit (manual and automated), Forensic Sci.Int. Genet. 6. 282–285. 2012.
  17. D.D. Richman, R. Whitley, and F.G. Hayden. Clinical Virology. 4th ed. Washington DC: ASM Press. 2016.

Full Text:
Article Info
Submitted: 2020-01-07
Published: 2020-03-12
Section: Artikel
Article Statistics: 288 911
Citation :